Le contrôle sanitaire a pour but de vérifier l'état de santé des animaux et de mettre en place certains traitements préventifs ; conjugué à une alimentation et une hygiène générale satisfaisante, il permet de minimiser l'incidence de nombreuses pathologies.
Chaque année tous les primates, qu'ils vivent en volière ou en enclos de semi-liberté, subissent un contrôle sanitaire.
Cet examen consiste dans un premier temps à anesthésier l'animal et à l'amener en salle de soin.
L'animal est ensuite pesé, mesuré puis subi un examen général. Pour les primates nés dans l'année, on réalise l'identification par tatouage. Des échantillons sanguins sont prélevés afin d'effectuer un diagnostic virologique (SIV, STLV, hépatites) et parasitologique (paludisme, filaires). Pour chaque individu, on conserve des échantillons congelés de plasma et de cellules sanguines afin de pouvoir mener des études rétrospectives.
Chaque animal reçoit un traitement vermifuge systématique et un test de tuberculination intradermique. Les grands singes (chimpanzés et gorilles) reçoivent éventuellement des rappels de vaccination (poliomyélite, tétanos)

Les femelles quant à elles, sont échographiées afin de savoir si elles sont gestantes.